Dlatego program nie spowodował likwidacji stad w gospodarstwach niespełniających podstawowych wymagań bioasekuracji. Z kontroli Inspekcji Weterynaryjnej przeprowadzonej przed wprowadzeniem programu wynikało, że 90 proc. gospodarstw nie miało właściwych zabezpieczeń przeciw chorobom zakaźnym. Tymczasem w wyniku działania programu zlikwidowano zaledwie 26 proc. stad świń. Do tego decyzje nakazujące ubój zwierząt były wydawane głównie w przypadkach, gdy właściciele gospodarstw złożyli oświadczenia o niespełnianiu wymogów właściwego zabezpieczenia.
Nieskuteczny był także nadzór Głównego Lekarza Weterynarii nad realizacją programu. Nie kontrolowano prawidłowości weryfikacji zabezpieczeń przed chorobami zakaźnymi dokonanych przez powiatowych lekarzy weterynarii. Nadzór sprowadzał się do bezkrytycznego przyjmowania od powiatowych lekarzy weterynarii informacji o uznawaniu gospodarstw za spełniające najwyższy stopień bioasekuracji, pomimo że liczba likwidowanych stad wskazywała na niepełną realizację celów programu. Często w protokołach sporządzanych przez Inspekcję Weterynaryjną stan zabezpieczeń podawano jako prawidłowy, mimo iż tak nie było. Stwarzało to pozory zabezpieczenia przed zakażeniami, a dowodem tego było wystąpienie ASF w gospodarstwie uznanym za spełniające wszelkie wymogi bioasekuracji. Ponowne kontrole gospodarstw uznanych za w pełni bezpieczne przed wirusem, przeprowadzone przez Inspekcje Weterynaryjne w obecności kontrolerów NIK, wykazały szereg nieprawidłowości i nieprzestrzeganie elementarnych zabezpieczeń.
Zabezpieczenie wejścia do pomieszczeń gospodarczych (fot. materiały kontrolne NIK)
Gospodarstwo nieprzestrzegające zasad bioasekuracji stwarza zagrożenie dla innych podmiotów nawet tych doskonale zabezpieczonych. Bowiem w małym gospodarstwie, którego właściciel lekceważy środki bioasekuracji i utrzymuje choćby jedną świnię, wystąpienie ASF skutkuje wyznaczeniem obszaru zapowietrzonego o promieniu co najmniej 3 km od ogniska choroby i obszaru zagrożonego – 7 km poza obszar zapowietrzony. Na tych obszarach wszystkie sąsiadujące gospodarstwa – niezależnie od skali produkcji świń – są narażone na restrykcje sanitarne i straty ekonomiczne, tym dotkliwsze im większa jest liczba utrzymywanych zwierząt. W tych obszarach m.in. jest zakaz przewozu świń, więc nie można ich już szybko sprzedać. Niedozwolona jest także produkcja nowych zwierząt. Choroba w jednym, nawet niewielkim stadzie świń, naraża na straty położoną w pobliżu dużą fermę doskonale zabezpieczoną przed przeniknięciem wirusa.