Trudności przysparzać mógł też sam sposób dostępu do elektronicznej dokumentacji medycznej. Jeśli bowiem pacjent chciał mieć do niej dostęp, ale wyraził zgodę na to zgodę dopiero w trakcie leczenia (a nie przed jego rozpoczęciem), to dokumenty zgromadzone przed dniem wyrażenia zgody nie będą dostępne w formie elektronicznej. Z kolei aby lekarze mogli skorzystać z elektronicznej dokumentacji medycznej, pacjent musiał wyrazić na to zgodę oraz wskazać, czy i któremu lekarzowi z objętych projektem szpitali i przychodni ją udostępni.
Korzystanie z elektronicznych usług dedykowanych pacjentom, jakie oferował Podlaski System Informacyjny e-Zdrowie nie było powszechne. Na dzień 31 stycznia 2017 r. konto na portalu pacjenta założyło niespełna pół procent mieszkańców województwa podlaskiego – 3 467 z 1 191 918 (0,29 proc. mieszkańców). Z tej liczby jedynie 372 osoby aktywowały założone konto, a 123 pacjentów skontrolowanych szpitali wyraziło zgodę na dostęp online do własnej elektronicznej dokumentacji medycznej. Tylko pojedyncze wizyty, właściwie liczone w promilach (408 wizyt czyli 0,07 proc. wszystkich wizyt w placówkach podłączonych do Sytemu w 2016 roku) mogły odbyć się po zdalnej, elektronicznej rejestracji, bo tyle zostało zarezerwowanych przez pacjentów i potwierdzonych przez poszczególne placówki. W 2016 roku pacjenci z województwa podlaskiego łącznie podjęli 1 141 prób elektronicznego zarejestrowania się na wizytę, ale część wizyt została odwołana przez samych pacjentów, a część pozostała niepotwierdzona lub odwołana przez lecznice. NIK wskazuje, że niezbędne jest podejmowanie możliwie jak najszerszych działań promujących portal oraz informujących mieszkańców województwa o udogodnieniach oferowanych przez System e-Zdrowie.
Jednocześnie NIK zauważa, że barierą do korzystania z e-usług w opiece zdrowotnej nie jest raczej nieumiejętność korzystania z Internetu. Według badań Głównego Urzędu Statystycznego, w 2015 roku, czyli w roku uruchomienia portalu pacjenta, 71 proc. mieszkańców województwa podlaskiego korzystało z Internetu co najmniej raz w tygodniu. Średnia krajowa wynosiła blisko 65 proc., a w Unii Europejskiej 76 proc.
Podlaski System Informacyjny e-Zdrowie i dostępne na nim system raportowo-analityczny oraz tzw. portal menadżerski nie usprawniły też zarządzania szpitalami ani sprawowania nad nimi nadzoru właścicielskiego, chociaż dostęp do raportów mieli zarówno zarządzający szpitalami jak i organy założycielskie szpitali – starostwa powiatowe i Urząd Marszałkowski Województwa Podlaskiego. Wyniki kontroli wskazują, że dyrektorzy szpitali odebrali od dostawcy narzędzie, mimo że nie działało ono właściwie: 45 proc. skontrolowanych raportów wskazywało dane niezgodne z prawdą. Powodem rozbieżności było przede wszystkim nieodpowiednie zintegrowanie systemów w szpitalach. W konsekwencji nowych rozwiązań informatycznych nie można było wykorzystywać do zarządzania podmiotami leczniczymi ani do sprawowania nad nimi nadzoru właścicielskiego. NIK wskazuje jednak także, że w jednym ze skontrolowanych szpitali – dzięki dobrej współpracy z dostawcą oprogramowania – wszystkie analizowane raporty działały prawidłowo.
W przyszłości barierą dla właściwego działania nie tylko systemu raportowo-analitycznego z portalem menadżerskim, ale też pozostałych programów i portalu pacjenta, mogą być środki finansowe, jakie trzeba będzie przeznaczyć na utrzymanie projektu i jego komponentów. Jeden ze skontrolowanych szpitali otrzymał już np. wycenę usługi zapewnienia integracji oprogramowania z systemem raportowo-analitycznym, po zakończeniu okresu gwarancji, opiewającą na 698 tys. zł. (stanowiło to 25 proc. kwoty całego projektu dla tego szpitala). Takie wyliczenia wskazywać mogą na duże, trudne dzisiaj do oszacowania, koszty działania wszystkich systemów w podmiotach leczniczych oraz portalu pacjenta, po zakończeniu świadczenia asysty powdrożeniowej.
Urząd Marszałkowski Województwa Podlaskiego zapewnił właściwy poziom bezpieczeństwa danych gromadzonych na własnych serwerach. Problemy z bezpieczeństwem danych stwierdzono jednak w skontrolowanych placówkach leczniczych. W 70 proc. z nich nie zapewniono np. właściwej ochrony danych z powodu nieodbierania uprawnień odchodzącym pracownikom. Nadal zatem, pomimo ustania zatrudnienia, mieli oni możliwość dostępu do danych medycznych pacjentów.
W związku z ustaleniami kontroli w województwie podlaskim i wagą rozwiązań wdrażanych w placówkach leczniczych w kraju NIK nie wyklucza przeprowadzenia kontroli regionalnych projektów dotyczących e-Zdrowia w innych województwach.
