Zdaniem NIK w takiej sytuacji rzetelnym i celowym działaniem byłoby rozważenie racjonalności dalszej realizacji programu lub przynajmniej dostosowanie harmonogramu i planu finansowego programu STRATEGMED do zaistniałych okoliczności.
Nieadekwatnie do celu głównego określono dwa cele szczegółowe. Dotyczyły one stworzenia zespołów badawczych o silnej pozycji międzynarodowej oraz wzrostu pozycji międzynarodowej Polski w zakresie badań naukowych. Izba stwierdziła, że związek z celem głównym pośrednio miał jedynie trzeci cel – transfer know-how i nowych technologii w zakresie profilaktyki, diagnostyki, terapii i rehabilitacji z polskich instytucji naukowych do gospodarki.
Ponadto wskaźniki realizacji STRATEGMED nie odnosiły się bezpośrednio do poprawy warunków i skuteczności leczenia pacjentów w Polsce w zakresie chorób onkologicznych, kardiologicznych lub neurologicznych, a jedynie do efektywności naukowej zespołów badawczych.
Oceniając projekt Programu zwrócono uwagę, że było to pierwsze działanie w czterech obszarach nauki i praktyki medycznej (neurologii i zmysłów, onkologii oraz medycyny regeneracyjnej), jakie podejmowało potrzebę kompleksowego wspierania badań w Polsce na rzecz poprawy jakości życia osób z chorobami cywilizacyjnymi, wpisując się zarazem w cele polityki innowacyjności. W dokumencie nie dokonano jednak np. wyboru działań priorytetowych, wynikających z oceny istotnych potrzeb w zakresie profilaktyki i diagnostyki chorób. Zdaniem NIK, prawidłowo sformułowany program badawczy nt. profilaktyki i leczenia umożliwiłby poprawę stanu opieki medycznej poprzez wdrażanie efektów badań naukowych prowadzonych w ramach STRATEGMED.
Narodowe Centrum Badań i Rozwoju prawidłowo określiło system wyboru projektów oraz kryteria oceny wniosków o dofinansowanie i wyboru recenzentów, w programie STRATEGMED. Wprowadziło również procedury unikania konfliktu interesów dotyczące członków Komitetu Sterującego. Jednakże Centrum nie w pełni stosowało obowiązujące zasady oceny projektów oraz przyznawania dofinansowania.
Centrum nie prowadziło całościowego monitoringu realizacji STRATEGMED ani systematycznej ewaluacji Programu. Brak pełnych danych na temat postępów realizacji Programu, w tym danych pochodzących bezpośrednio z kontroli u beneficjentów, ograniczał możliwość prowadzenia kompleksowej analizy ryzyka Programu.
W skontrolowanych przez NIK siedmiu projektach realizowanych w programie STRATEGMED (22 proc. ogólnej wartości dofinansowania założonego w Programie), w czterech ustalono naruszenia zasad wydatkowania, ewidencjonowania oraz rozliczania otrzymanego dofinansowania. Dodatkowo w jednym z nich stwierdzono również odstępstwa od rzeczowych założeń jego realizacji, które mogą skutkować niepełnym osiągnięciem założonych celów.